KOGO:: Workshop

기본 개요

강좌명: Spatially resolved transcriptomics 분석 방법론과 실습 (단일세포전사체 응용 2)
주강사: 최정민 (고려대학교)
조교: 김지현, 유광민, 홍주현 (고려대학교)
날짜: 2023.07.19 09:20 ~ 2023.07.19 15:30
강좌 방식: 오프라인 / 이론+실습

강좌 정보

단일세포 유전체분석의 발전으로 단일세포 수준에서의 세포 간의 이질성을 확인할 수 있게 됨에 따라 다양한 생물학적 기전에 대한 이해가 높아지고 있다. 이에 더불어, 공간 전사체분석 기술의 등장으로 세포들의 공간적 특징을 고려할 수 있게 되어 보다 고차원적인 시각으로 기전을 이해할 수 있게 되었다. 본 강좌에서는 사람의 배외측 전전두피질 조직에서 얻어낸 10x Visium 데이터를 이용해 전반적인 공간 전사체분석을 진행, 그에 대한 생물학적 해석을 하는 것을 목표로 한다.

기타

인터넷 접속 필요여부: 웹서핑

동영상

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기타
교육생 개인 노트북: 필요 필요하지 않음
세부 안내사항: 노트북 메모리 RAM 8GB 이상
수강생 수준: R 및 python 기본 명령어 사용 가능한 초보자를 위한 실습
수강생 준비물: [실습 프로그램 리스트]
- R: https://cloud.r-project.org/
- R studio: https://posit.co/downloads/
- Python: https://www.python.org/
- Jupyter notebook: https://jupyter.org/

[실습 파일 리스트]
- 파일명: https://github.com/JuhyeonHong/2023_KOGO_summer_workshop/
prerequisite section에 기재되어 있는 R 오브젝트 파일과 실습에 필요한 package(PPT page.23 R library)들을 미리 다운로드

* 실습 코드 및 자료를 Github를 통해 배포할 예정입니다. 실습 분석에 필요한 라이브러리 설치에 시간이 오래 소요되니, 실습 전에 미리 설치해 오시기 바랍니다.
기타 안내사항: -

교육일정

구분	세션	시간	강의내용	강사명	비고
Day 1	Session 1	9:20~10:50	Intro to Spatially Resolved Transcriptomics (SRT)	최정민	강의
Day 1	Session 2	11:00~12:30	1. SRT Introduction 2. SRT Preprocessing	김지현, 유광민, 홍주현	강의/실습
Day 1	Session 3	14:00~15:30	3. SRT Analysis 4. SRT Workflows	김지현, 유광민, 홍주현	강의/실습