강좌 정보
2024 제18회 통계유전학워크샵
18th Asian Institute in Statistical Genetics and Genomics
기본 개요
강좌명
메타지놈분석-기본: 16S rRNA gene 시퀀싱 데이터
주강사
김한나 (성균관대학교)
조교
-
날짜
2024.07.22 09:20 ~ 2024.07.23 17:10
강좌 방식
이론+실습 / 온라인-녹화영상
강좌 정보

최근 위장관, 피부, 구강 등의 인체 미생물과 인간의 건강 및 질병간의 연관성이 밝혀지면서, 미생물을 질병 예방이나 진단 및 치료 등의 맞춤의료에 활용하고자 메타지놈연구가 활발히 진행되고 있다. 대용량 시퀀싱 기술의 발달은 기존 배양 기반의 미생물연구에 혁신적인 발전을 가져왔으며, 이렇게 얻어진 메타지놈 자료는 인간 유전체자료 분석과 마찬가지로 생물정보학기술이 바탕이 된다. 그러나 인간 유전체자료와 달리, 한가지 종이 아닌 다양한 미생물 군집 데이터를 분석하고 해석 해야하므로, 이를 위해 반드시 알아야 할 기초 지식과 데이터 분석, 그리고 결과의 해석 능력이 필요하다. 본 강좌에서는 메타지놈을 처음 접하는 초보자에게, 관련 논문을 읽고 이해할 수 있을 정도의 기초이론에 대한 상세한 개념 설명 뿐만 아니라, 16S rRNA gene의 amplicon sequencing 에 기반-집중하여, 실제 연구디자인 및 시퀀싱 raw 데이터부터 미생물 군집분석까지 QIIME2 프로그램으로 직접 실습으로 진행해봄으로써 실제 연구에 바로 활용 가능하도록 한다.


본 강의를 통하여 수강생들은 다음과 같은 기술을 익힐 수 있다.

- 메타지놈 연구 디자인과 기본 개념

- Marker gene (16S rRNA gene amplicon) 시퀀스 데이터의 퀄리티 해석

- 16S rRNA gene 시퀀스 raw 데이터(fastq)로부터 미생물의 feature table 생성

- 미생물의 다양성 (a-diversity, ß-diversity) 및 taxonomic profile 분석 및 결과 해석

기타
인터넷 접속 필요여부
웹서핑
동영상
파일 다운로드
기타 (웹기반 분석프로그램 접속, 데이터 업로드/다운로드 등)
교육생 개인 노트북
필요 필요하지 않음
세부 안내사항
노트북 메모리 RAM 8GB 이상, Window 10 이상 필요. Window/Mac/Linux 사용가능 (Mac/Linux 선호)
수강생 수준
강좌 난이도: 중 / 유전체 분석 입문자, Linux를 처음 접하는 자, 생물정보학 입문자 등
수강생 준비물
컴퓨터 (데스크탑 또는 노트북)
기타 안내사항
100% 온라인 사전 녹화 강의이며, 매일 마지막 세션 후 30분만 실시간 Zoom 개설하여 강사에게 직접 온라인 실시간 질의응답 가능. 사전 설치프로그램은 안내 메일 전달 예정
교육일정
구분 세션 시간 강의내용 강사명 비고
Day 1 Session 1 09:20~10:50 마이크로바이옴 연구 개요(16S rRNA gene sequencing) 김한나 강의 (녹화영상)
Day 1 Session 2 11:00~12:30 16S 시퀀싱 Raw 데이터의 이해와 QC 김한나 강의 (녹화영상)
Day 1 Session 3 14:00~15:30 다양성(⍺-diversity, β-diversity) 및 Taxonomy 의 개념 김한나 강의 (녹화영상)
Day 1 Session 4 15:40~16:40 Functional Inference 김한나 강의 (녹화영상)
Day 1 Session 5 16:50~17:10 실시간 온라인 질의응답(Zoom link 공유예정) 김한나 질의응답 (실시간 zoom)
Day 2 Session 1 09:20~10:20 QIIME2 프로그램의 개요 및 설치 김한나 강의/실습 (녹화영상)
Day 2 Session 2 10:30~12:00 Fastq 파일로부터 Feature Table 만들기 (Importing, Demultiplexing, Denoising) 김한나 강의/실습 (녹화영상)
Day 2 Session 3 13:30~15:00 Phylogenetic tree 와 Taxonomy Classification 김한나 강의/실습 (녹화영상)
Day 2 Session 4 15:10~16:40 미생물 다양성 분석 및 군집 구조 비교 분석(⍺-diversity, β-diversity, Taxonomic Profiles) 김한나 강의/실습 (녹화영상)
Day 2 Session 5 16:50~17:10 실시간 온라인 질의응답(Zoom link 공유예정) 김한나 질의응답 (실시간 zoom)